Selain menerima pendidikan di Madrasah, santri juga dibekali pendidikan makhadiyah (non-akademik). Kegiatan makhadiyah lebih komplek karena menyatu dipadukan dengan kegiatan-kegiatan sehari-hari santri. Berikut kegiatan santri sehari hari selain di bangku madrasah:

Tahajud, Witir, dan Subuh Berjemaah

Kegiatan ini diikuti seluruh santri dan dimulai pukul 03.30 WIS (dini hari). Setelah mandi atau berwudhu, seluruh santri melaksanakan SalatTahajud dan Witir. Untuk murid kelas VI Ibtidaiyah, Tsanawiyah, dan anggota Kuliah Syariah yang tidak memiliki tugas di Daerahnya, kegiatan ini bertempat di masjid. Setelah itu, dilanjutkan dengan membaca Asma’ul Husna bersama. Sedangkan untuk murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah, kegiatan ini bertempat di Daerah masing-masing. Kemudian dilanjutkan dengan membaca wirid-wirid mu’tabarah.

Takrar Nazham

Kegiatan ini khusus untuk murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah, bertempat di Daerah masing-masing.

Kegiatan Pagi

Kegiatan Pagi di daerah dilaksanakan setelah SalatSubuh s.d. pukul 06.00 WIS. Kegiatan ini dilaksanakan di dalam kamar dan dipandu oleh Kepala Kamar. Kegiatan ini diisi dengan pembacaan buku Undang-undang Pondok Pesantren Sidogiri, pembinaan baca kitab, melengkapi makna kitab pelajaran, pengajian kitab, pendidikan baca al-Qur’an dan Salawat Dîba’iyah.

Salat Dhuha Berjemaah

Kegiatan ini untuk murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah. Waktunya pukul 06.30 s.d. 06.45 pagi, dan bertempat di Daerah. Sedangkan untuk hari Jumat, salat Dhuha berjemaah diganti dengan musyawarah di Daerah

Pengajian Kitab Kuning

Pengajian kitab kuning ada yang diasuh langsung oleh Kiai/Pengasuh, dan ada yang dibacakan guru-guru yang ditunjuk Pengurus bagian pengajian kitab ma’hadiyah atas persetujuan Ketua III PPS. Pengajian kitab kuning oleh Pengasuh adalah kegiatan paling inti di PPS. Bertempat di Surau Daerah H dan harus diikuti oleh: (1) anggota Kuliah Syariah non guru, (2) guru yang sedang tidak bertugas, dan (3) murid Aliyah. Sedangkan santri tingkat Tsanawiyah, Ibtidaiyah, dan Istidadiyah sangat dianjurkan mengikuti pengajian yang diasuh oleh Pengasuh, selama tidak bertentangan dengan kegiatan wajib di madrasah. Materi pengajian kitab kuning oleh Pengasuh di antaranya adalah kitab Ihyâ’ Ulûmiddîn, Shahîh al-Bukhâri, Fathul-Wahhâb, I’ânatuth-Thâlibîn (pagi); Tafsîr al-Jalâlain (sore); dan Jam’ul-Jawâmi’ (malam).

Sementara itu, mengikuti pengajian kitab yang dibacakan guru-guru juga wajib bagi semua santri PPS. Tempatnya di ruang-ruang MMU atau Daerah, bakda Maghrib setelah pendidikan baca al-Qur’an. Materi pengajian tersebut adalah kitab-kitab kecil dalam bidang Fikih, Akhlak, Tasawuf, Nahwu, dan lainnya. Metode yang digunakan dalam pengajian kitab ini ada yang memakai sorogan, bandongan, juga ada yang berupa pendidikan cara baca kitab.

Musyawarah Ma’hadiyah

Kegiatan musyawarah untuk anggota Kuliah Syariah diselenggarakan setiap malam, pukul 09.00 s.d. 10.00 WIS bertempat di ruang-ruang MMU. Khusus malam Selasa, musyawarah dilaksanakan pukul 08.00 s.d. 10.00.

Sedangkan untuk tingkat Tsanawiyah, sesuai ketentuan Daerah dan kelasnya, musyawarah dilaksanakan Selasa pagi pukul 05.30 s.d. 07.00, bertempat di ruang MMU. Dan bagi santri kelas V & VI Ibtidaiyah serta V, VI, dan VII Istidadiyah dilaksanakan Jumat pagi pukul 06.00 s.d. 07.00, bertempat di Daerah.

Selain itu, kegiatan musyawarah ada yang diistilahkan dengan Musyawarah Gabungan antar Daerah, bagi murid kelas III Tsanawiyah. Musyawarah ini membahas masalah wâqi’iyah (banyak terjadi di masyarakat) dan dilaksanakan malam Jumat pukul 09.30 s.d. 11.00 secara bergantian di tiap-tiap Daerah.

Salat Zuhur dan Asar Berjemaah

Kegiatan ini untuk murid Ibtidaiyah dan Istidadiyah dimulai pukul 12.20 s.d. 12.45 untuk salat Zuhur dan pukul 03.30 s.d. 03.45 untuk salat Asar. Bertempat di Daerah untuk kelas I sampai V, dan bertempat di masjid untuk kelas VI.

Salat Maghrib Berjemaah

Kegiatan ini bertempat di masjid untuk murid kelas VI Ibtidaiyah, murid Tsanawiyah, dan semua anggota Kuliah Syariah yang tidak bertugas di Daerahnya. Sedangkan murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah bertempat di Daerah.

Pendidikan Baca al-Qur’an

Pendidikan Baca al-Qur’an (Ta’lîmul-Qur’ân) harus diikuti oleh seluruh santri selain murid kelas VI Ibtidaiyah & III Tsanawiyah, setelah salat Maghrib berjemaah. Kegiatan ini diselenggarakan setiap malam, selain malam Selasa dan malam Jumat. Kegiatan mengaji al-Qur’an bertempat di Daerah untuk anggota Kuliah Syariah dengan cara tadarus. Bertempat di kamar-kamar Daerah untuk murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah. Sedangkan untuk murid kelas I & II Tsanawiyah bertempat di ruang-ruang MMU. Kegiatan ini dipandu oleh seorang mu’allim (guru mengaji) yang ditunjuk Pengurus bagian ta’lîm al-Qur’an.

Baca Istighfar dan Salawat Bakda Maghrib

Kegiatan ini dilaksanakan setiap malam untuk kelas VI Ibtidaiyah dan III Tsanawiyah, bertempat di masjid setelah pelaksanaan salat Maghrib berjemaah. Khusus malam Selasa, ditambah dengan murid kelas I dan II Tsanawiyah. Kegiatan ini waktu malam Selasa juga dilaksanakan di Daerah, yang harus diikuti oleh murid kelas I sampai V Ibtidaiyah dan murid Istidadiyah. Di malam Selasa, setelah kegiatan ini diadakan taushiyah (ceramah pencerahan).

Baca Burdah

Kegiatan ini dilakukan bergantian setiap malam, sesuai dengan urutan daerah yang ditetapkan Pengurus. Pembacaan Burdah ini dilakukan dengan dua cara, Burdah Keliling dan Burdah di Daerah. Burdah Keliling dibaca sambil mengelilingi komplek pesantren oleh semua santri tingkat Tsanawiyah, sedangkan Burdah di Daerah dibaca bersama di Daerah. Kegiatan ini dilaksanakan pukul 11.30 s.d. 12.00 malam, kecuali bagi daerah-daerah tertentu.

Gerak Batin (istighâtsah)

Kegiatan ini bertempat di masjid, diikuti seluruh santri sesuai urutan daerahnya. Waktunya sama dengan pembacaan Burdah, yaitu pukul 11.30 s.d. 12.00 malam. Gerak batin ini diisi dengan membaca Surat-surat Munjiyât yang diakhiri dengan membaca Hizbul-Futûh.

Baca Salawat dan Madah Nabi

Pembacaan Salawat dan Madah Nabi dilaksanakan setiap malam Jumat, pukul 07.30 s.d. 08.30 (bakda Isyak). Kegiatan ini bertempat di masjid untuk anggota Kuliah Syariah, dan bertempat di Daerah untuk murid tingkat Istidadiyah, Ibtidaiyah, dan Tsanawiyah. Sedangkan salawat dan madah yang dibaca adalah, Maulid ad-Dîba’i, Maulid al-Barzanji, Syaraful-Anam, dan Simthud-Durar. Dalam satu bulan, empat macam salawat ini dibaca secara bergantian tiap malam Jumat.

Baca Râtibul-Haddâd dan Surat al-Kahfi

Pembacaan wirid ini hanya dilaksanakan oleh santri kelas I sampai V Ibtidaiyah dan Istidadiyah, dengan dipandu oleh bagian Ubudiyah Daerah. Kegiatan ini dilaksanakan hari Jumat setelah salat Subuh berjemaah, bertempat di Daerah. Kegiatan ini dilanjutkan dengan pembacaan Surat al-Kahfi yang diikuti oleh semua warga Daerah. Pelaksanaannya setelah kegiatan salat Subuh berjemaah di masjid dan surau sudah selesai.

Baca Surat-Surat Munjiyat

Waktu pelaksanaan kegiatan ini adalah Jumat sore, pukul 17.00 s.d. 17.30 WIS, bertempat di Daerah.

Mengaji ke Pengasuh

Pengajian ini dilaksanakan tiap pukul 08.00 s.d. 11.00 WIS selain Selasa dan Jumat. Kegiatan ini wajib diikuti oleh anggota Kuliah Syariah dan dianjurkan untuk murid Tsanawiyah. Kitab-kitab yang diajikan meliputi, Ihyâ’ ‘Ulûmiddîn, Fathul-Wahhâb, Shahîh Bukhâri, Hâsyiyah al-Bannâni, dll.

Diskusi Ilmiah

Kegiatan ini rutin digelar tiap bulan oleh forum-forum kajian di bawah naungan Lembaga Penelitian dan Studi Islam (LPSI) secara bergilir. Kegiatan ini hanya diikuti oleh anggota Kuliah Syariah. Kegiatan diskusi meliputi: kajian tafsir, fikih, dan hadits serta beberapa diskusi umum.