SEBAGAI sentral dari pengaturan administrasi di Pondok Pesantren Sidogiri (PPS) Kantor Sekretariat merintis dan menerapkan Konsep Layanan Satu Pintu, di mana aktivitas yang berkenaan dengan manajeman informasi, data, keuangan, adminstrasi, dan aset dari semua unsur PPS secara menyeluruh terpusat di kantor tiga lantai ini.

Dalam menjalankan tugasnya, sikap melayani dan mengayomi diupayakan untuk selalu tercipta dan terjaga dengan baik. Selama hampir enam tahun, Kantor Sekretariat telah menerapkan konsep layanan 5S (senyum, salam, sapa, sopan, dan santun), dan terus berupaya meningkatkan pelayanannya secara service excellent. Perbaikan manajemen pun terus dilakukan untuk peningkatan administrasi dan pelayanan.

Sekretaris Umum dibantu oleh 5 sekretaris dan beberapa staf serta tim khusus dalam menjalankan dan mensukseskan semua agenda tersebut. Selain juga membawahi Tim Pengembangan Manajemen, Tim Peduli Sehat, dan LAZISWA Sidogiri, secara konsultatif tahun ini Sekretaris Umum juga membawahi DIM Sidogiri.

Untuk tugas kesekretariatan Sekretaris Umum dibantu oleh 5 Sekretaris.

1. Sekretaris I bertugas menangani layanan informasi, melayani tamu, mengurusi administrasi santri luar negeri, menjalin hubungan dengan instansi luar, mengkoordinir penyelenggaraan even-even pesantren, menangani beasiswa, serta membawahi Ikatan Santri Sidogiri (ISS).
2. Sekretaris II bertugas menangani database Pondok Pesantren, Pengurus, Guru dan Santri. Selain itu, juga mengatur dan mengkoordinir pembuatan dan penerbitan Kartu Identitas di PPS, penghimpunan dan penulisan data-data statistik PPS, dan melayani administrasi izin pulang/pergi, izin boyong serta mutasi daerah dan domisili.
3. Sekretaris III bertugas sebagai penanggung jawab atas sarana teknologi informasi PPS. Dibantu dua orang staf, Sekretaris III menangani segala hal yang berkaitan dengan seluruh penyediaan infrastruktur termasuk aplikasi, jaringan komputer dan keamaan IT di PPS. Ini juga termasuk yang bersifat pengadaan, perawatan, ataupun perbaikan.
4. Sekretaris IV bertugas menangani kearsipan, surat-menyurat (korespondensi), dan dokumentasi acara-acara penting, baik secara manual maupun digital. Sekretaris IV juga menangani pengadaan dan desain grafis kelengkapan administrasi yang meliputi seluruh kebutuhan instansi intern PPS, seperti kop surat dan amplop istansi, stempel, dan kebutuhan administrasi lainnya.
5. Sekretaris V bertugas menangani urusan rumah tangga Kantor Sekretariat PPS. Sekretaris V bertanggung jawab atas segala kebutuhan konsumsi, akomodasi, layanan kebersihan dan kerapian kantor sekretariat. Tugas lainnya adalah menjaga dan melengkapi furniture Kantor Sekretariat PPS, menangani peminjaman inventaris, sekaligus bertanggung jawab atas penggunaan inventaris milik Kantor Sekretariat. Dalam menjalankan tugasnya, Sekretaris V dibantu seorang staf yang membawahi beberapa petugas officer kantor sekretariat.