BERBEDA dengan daerah (asrama santri) yang berfungsi menempa kepribadian santri, Perpustakaan berfungsi menopang pengembangan pengetahuan mereka baik yang diajarkan dalam kegiatan madrasiyah dan ma’hadiyah maupun ilmu pengetahuan lainnya secara umum. 

Hal itu diwujudkan dengan dua hal: penyediaan koleksi (kitab, buku, dll) dan kegiatan-kegiatan keilmuan. 

Koleksi Perpustakaan cukup lengkap dan beraneka ragam (lihat tabel), terutama koleksi kitab kuning. Kelengkapan koleksi kitab kuning Perpustakaan disinyalir terlengkap se-Nusantara. Bahkan, menurut rektor Universitas Pasim, Bandung, Prof. DR. Muhammad Baharun, MA, Perpustakaan Sidogiri adalah perpustakaan dengan koleksi kitab kuning terlengkap se-Asia Tenggara.

Kelengkapan koleksi yang sedemikian memungkinkan para santri untuk dengan leluasa mengembangkan keilmuannya. Selain secara personal, para santri juga pengembangan keilmuan di Perpustakaan dalam bentuk halakah, belajar bersama, dan diskusi kelompok yang umumnya dikoordinir organisasi atau kelas.

Adapun kegiatan keilmuan yang ditangani oleh perpustakaan sendiri adalah pelatihan cara efektif mempelajari sebuah disiplin ilmu dan layanan konsultasi. Layanan konsultasi adalah program penyediaan personal yang memiliki kredibilitas keilmuan untuk dijadikan tempat bertanya pemustaka (pengunjung) dalam memanfaatkan koleksi yang ada.